Biodiversidade
A flora do Japi é detentora de inúmeras espécies de árvores como aroeiras, araticuns, perobas, guatambus, jacarandás, ipês, paineira, pata-de-vaca, cássias, copaíba, jatobás, guapuruvú, embaúbas, capixigui, cambará, andiras, canelas, jacarandás, quaresmeiras, manacá da serra, canjerana, cedro, ingá, angicos, pau-jacaré, chico-pires, pitanga, uvaia, araçás, sete-capote, goiabeira, jerivá, palmito, açoita-cavalo, candeia e inúmeras outras. São mais de trezentas espécies observadas até hoje. E também um grande número de arbustos, herbáceas, samambaias e musgos.
O Japi ainda abriga uma fauna bastante diversificada, com mais de 650 espécies de borboletas identificadas e centenas de espécies de outros insetos, aracnídeos, anfíbios, répteis que já foram objetos de estudo por pesquisadores.
Várias espécies de aves como inambu-xitã, garça-branca, urubus, gaviões, falcões, acauã, siriema, quero-quero, juritis, alma-de-gato, anus, corujas, beija-flores, pica-paus, joão-de-barro, matraca, tesourinha, araponga, bem-te-vis, andorinhas, gralhas, corruíras, sabiás, sanhaços, saíras, tiziu, tico-ticos, bicos-de-lacre e muito mais, habitam permanente ou temporariamente a Serra do Japi.
Mamíferos como gambás, tatus, tamanduá, morcegos, bugio, macaco-sauá, cachorro do mato,
jaguatirica, gatos-do-mato, gato-maracajá, onça parda, furão, cateto, serelepe, preá, ouriço, veados, capivara, tapiti, dentre muitos outros, têm o Japi como um dos poucos refúgios, inclusive vários destes animais estão ameaçados de extinção.